Eine wichtige Einnahmequelle ist der Tourismus. Die Sehenswürdigkeiten der Stadt ziehen Japaner aller Altersgruppen an, auch viele ausländische Touristen besuchen die Stadt. Die Stadt hat eine gut ausgebaute touristische Infrastruktur.

Ein weiterer Wirtschaftszweig sind die kleinen Betriebe und Familienunternehmen, die sich dem traditionellen japanischen Handwerk verschrieben haben. Berühmt ist Kyōto vor allem für seine Seidenmanufakturen (Nishijin, nach dem gleichnamigen Stadtteil) und seine Kimono-Produktion.
Ende des 17. Jahrhunderts wurde von Yūzen Miyazaki in Kyōto eine besondere Färbetechnik (Kyō-yūzen) entwickelt, die heute außer in Kyōto fast nur noch in Kanazawa praktiziert wird. In den letzten Jahrzehnten stagniert dieser Sektor allerdings.

Der südliche Stadtteil Fushimi-ku ist neben Niigata und Nada (Kōbe) einer der namhaftesten Entstehungsorte von Sake.

Drittes Standbein der Stadt ist die Elektronik. In Kyōto befinden sich die Zentralen von Nintendo, OMRON, Kyocera, muRata Electronic und Wacoal. Die Hightech-Industrie kann den Rückgang des traditionellen Handwerks jedoch nur teilweise ausgleichen, so dass eine große Zahl Erwerbstätiger täglich nach Osaka pendelt.