Um wichtige Gebiete der Flora und Fauna zu schützen, wurde ein Netzwerk aus Nationalparks eingerichtet. Es sind 53 Feuchtgebiete als Ramsar-Gebiete ausgewiesen, dazu kommen 25 UNESCO-Welterbestätten, darunter 20 Stätten des Weltkulturerbes und fünf Stätten des Weltnaturerbes.
Kulturerbe
-Buddhistische Heiligtümer von Horyu-ji (seid 1993): buddhistischer Tempel in der Stadt Ikaruga
- Adelssitz Himeji-jō (seid 1993): Burganlage aus dem 17. Jahrhundert in der Stadt Himeji
- Baudenkmäler und Gärten der Kaiserstadt Kyoto (Kulturerbe seid 1994): Die Welterbestätte umfasst 17 Orte in Japan, die in den drei Städten Kyōto, Uji und Ōtsu liegen
- Historische Dörfer von Shirakawa-go und Gokayama (seid 1995): drei historische Dörfer im Flusstal des Shōgawa
- Friedensdenkmal in Hiroshima (seid 1996): eine Gedenkstätte für den ersten kriegerischen Einsatz einer Atombombe im Friedenspark Hiroshima
- Shinto-Schrein von Itsukushima (seid 1996): Shintō-Schrein auf der Insel Miyajima mit über dem Wasser einer Bucht gebauten Bauwerken
- Baudenkmäler und Gärten der Kaiserstadt Nara (seid 1998): Dazu gehören: Gangō-ji, Palast Heijō, Kasuga-Taisha, Kasugayama-Urwald, Kōfuku-ji, Tōdai-ji, Tōshōdai-ji und Yakushi-ji in Nara
- Schreine und Tempel von Nikko (seid 1999): Dazu gehören: Toshogu, Futarasan-Schrein und Rinnō-ji in Nikkō
- Archäologische Stätten des Königreichs der Ryukyu-Inseln (seid 2000): archäologische Stätten des Königreichs der Ryukyu-Inseln
- Heilige Stätten und Pilgerstraßen in den Kii-Bergen (seid 2004): in den Kii-Bergen
- Iwami-Ginzan-Silbermine und Kulturlandschaft (seid 2007)
- Hiraizumi – Tempel, Gärten und archäologische Stätten des Reines-Land-Buddhismus (seid 2011): in der Stadt Hiraizumi
- Fujisan (seid 2013): umfasst 25 Stätten, die um den Fuji liegen, einschließlich des Fuji selbst
- Stätten der Seidenspinnerei in Tomioka (seid 2014): Die Seidenspinnerei und Seidenfabrik in Tomioka wurde 1872 von der japanischen Regierung, mit aus Frankreich importierten Maschinen, erbaut und ist damit die älteste japanische Fabrik, die nach industriellen Methoden Seide herstellt
- Stätten der industriellen Revolution in der Meiji-Zeit (seid 2015): 23 Stätten in Kyūshū und Yamaguchi: Hashima-Kohleminen, früheres Glover-Haus, Shūseikan, Miike-Kohlemine, Yawata Steel Works, Leuchtturm Mutsurejima, Hagi-Flammofen, Shōkasonjuku-Akademie, Burgstadt Hagi etc.
- Das architektonische Werk von Le Corbusier – ein herausragender Beitrag zur „Modernen Bewegung“ (seid 2016): 17 Bauten des Architekten Le Corbusier wurden in die Welterbeliste aufgenommen. In Japan gehört dazu das Hauptgebäude des Nationalmuseums für westliche Kunst. Die übrigen Stätten liegen in Frankreich, Argentinien, Belgien, Deutschland, Indien und der Schweiz. Die Gebäude zeigen die Lösungen, welche die Moderne im 20. Jahrhundert für die Herausforderungen des Erfindens neuer architektonischen Techniken bereithielt, um auf die Bedürfnisse der Gesellschaft einzugehen
- Heilige Insel Okinoshima und zugehörige Stätten in der Region Munakata (seid 2017): Okinoshima ist eine Insel zwischen Japan und Korea, die zur Gemeinde Munakata gehört. Sie hatte für Seeleute des 1. Jahrtausends eine besondere religiöse Bedeutung.
- Verborgene christliche Stätten in der Region Nagasaki (seid 2018). Durch Missionare gelangte das Christentum im 17. Jahrhundert nach Japan. Bald darauf wurde das Christentum untersagt und verfolgt, was die Christen zu einer heimlichen Ausübung in entlegene Stätten zwang. Die zehn Dörfer, die Kathedrale und die Burg, die diese Welterbestätte umfasst, zeugen von den verschiedenen Phasen des Christentums, auch nach der Aufhebung des Verbots. Die Welterbestätte versinnbildlicht die spezielle christliche Kultur, die sich in Japan entwickelt hat und über die darauffolgenden zwei Jahrhunderte bewahrt wurde.
- Kofun-Gruppe von Mozu-Foruichi: Hügelgräber aus Alt-Japan (seid 2019): Die Erbestätte umfasst die Kofun-Gruppe von Mozu-Furuichi. 49 Hügelgräber in der Präfektur Osaka, welche auf herausragende Weise die Kofun-Zeit zwischen dem 3. und 6. Jahrhundert veranschaulichen.
- Prähistorische Stätten der Jomon in Nordjapan (seid 2021): 17 archäologische Fundstätten der Jomon-Kultur im Süden der Insel Hokkaido und im Norden der Region Tōhoku
Naturerbe
- Zedernwald von Yakushima (seid 1993): Wald aus Sicheltannen (Cryptomeria japonica, auch Japanische Zeder genannt) auf der Insel Yakushima
- Buchenwald von Shirakami (seid 1993): gebirgige, unberührte Waldlandschaft in den Präfekturen Akita und Aomori
- Shiretoko (seid 2005)
- Ogasawara-Inseln (seid 2011)
- Die Inseln Amami-Oshima, Tokunoshima, Iriomote und nördlicher Teil der Insel Okinawa(seid 2021): Inseln aus der Inselgruppe der Ryūkyū-Inseln im Süden Japans, umfasst die beiden Amami-Inseln, dazu gehörenden Inseln Amami-Ōshima und Tokunoshima in der Präfektur Kagoshima. Der nördliche Teil der zu den Okinawa-Inseln zählt und die Insel Okinawa Hontō und die zu den Yaeyama-Inseln gehörende Insel Iriomote in der Präfektur Okinawa.