Das Museum besteht aus der öffentlich zugänglichen Galeriezone, der Forschungszone, der Archivzone und einem Gemeinschaftsraum, sowie Dauer- und Sonderausstellungsräumen, dem Taitsuike History und Memorial Room, einem Museumsshop und einer Teestube.

Jeder, der das Gebäude zum ersten Mal betritt, wird aus dem Staunen nicht mehr heraus kommen. Säumen doch unzählige Bücherregale voller Manga-Bände dicht die Wände und Flure, welche als „Wall of Manga“ (Manga-Mauer) bekannt sind. Auf etwa 140 Metern befinden sich ungefähr 40 000 Mangas aus den 70er Jahren bis zur heutigen Zeit.
Die Shōnen-Manga (少年漫画) findet man im ersten Stock, welche sich an ein jugendliches männliches Publikum richtet. Die Zielgruppe wird in Japan in der Regel als 12 bis 18 Jahre alt definiert. Shōnen-Manga ist die beliebteste Manga-Kategorie in Japan und macht etwa 60 % des gesamten Manga-Marktes aus. Typische Themen von Shōnen-Manga sind Action, Abenteuer, Sport, Fantasy und Science-Fiction. Die Geschichten handeln oft von jungen Helden, die sich auf eine Reise begeben, um ihre Ziele zu erreichen. Sie müssen dabei oft über sich hinauswachsen und sich Herausforderungen stellen. Zu den bekanntesten Shōnen-Manga gehören One Piece von Eiichiro Oda, Dragon Ball von Akira Toriyama, Naruto von Masashi Kishimoto und Bleach von Tite Kubo. Shōnen-Manga sind in der Regel sehr actionreich und spannend. Sie bieten oft eine gute Mischung aus Humor, Drama und Action. Sie sind daher auch bei erwachsenen Manga-Fans beliebt.
Shōjo-Manga (少女漫画) richten sich an ein weibliches Publikum und sind im zweiten Stock zu finden. Sie sind die zweitbeliebteste Manga-Kategorie in Japan und machen etwa 20 % des gesamten Manga-Marktes aus. Typische Themen von Shōjo-Manga sind Romantik, Freundschaft, Familie, Schule, Musik, Mode und Sport. Die Geschichten handeln oft von jungen Mädchen, die sich auf der Suche nach Liebe, Freundschaft und Selbstfindung befinden. Zu den bekanntesten Shōjo-Manga gehören Sailor Moon von Naoko Takeuchi, Cardcaptor Sakura von CLAMP, Fruits Basket von Natsuki Takaya und A Silent Voice von Yoshitoki Ōima. Shōjo-Manga sind in der Regel sehr romantisch und emotional. Sie bieten oft eine gute Mischung aus Humor, Drama und Romantik. Sie sind daher auch bei erwachsenen Manga-Fans beliebt.
Seinen-Manga (青年漫画) befinden sich im 3. Stock und letzten Stock, sie sind auf ein junges erwachsenes männliches Publikum gerichtet. Die Zielgruppe wird in Japan in der Regel als 18 bis 30 Jahre alt definiert. Seinen-Manga ist die drittbeliebteste Manga-Kategorie in Japan und macht etwa 20 % des gesamten Manga-Marktes aus. Typische Themen von Seinen-Manga sind Action, Drama, Thriller, Krimi, Science-Fiction, Fantasy, Politik und Gesellschaftskritik. Die Geschichten handeln oft von jungen Männern, die sich mit erwachsenen Themen wie Liebe, Karriere, Identität und Sinn des Lebens auseinandersetzen. Zu den bekanntesten Seinen-Manga gehören Berserk von Kentaro Miura, Vagabond von Takehiko Inoue, Monster von Naoki Urasawa und Attack on Titan von Hajime Isayama. Seinen-Manga sind in der Regel sehr komplex und anspruchsvoll. Sie bieten oft eine gute Mischung aus Action, Drama und Spannung. Sie sind daher bei erwachsenen Manga-Fans beliebt, die anspruchsvollere Geschichten suchen.
Alle Mangas auf jeder Etage sind nach den Namen ihrer Autoren entsprechend ihrer japanischen Silbe geordnet und somit leicht findbar.
Es gibt sogar über 5000 Manga-Bände aus Frankreich, den USA, China und anderen Ländern in ihrer Muttersprache. Die Stärke der Sammlung liegt jedoch in den japanischen Werken, welche die Jahre von etwa 1970 bis 2005 umfassen.
Mit den Materialien in den geschlossenen Regalen ergibt sich so eine Gesamtsumme von etwa 300 000 Objekten.

Im Gegensatz zu unseren Museen gibt es im MM eine einzigartige Möglichkeit. Fast alle Objekte sind frei zugänglich und können kostenlos gelesen werden, solange man sich im Museum aufhält. Somit ist es nicht ungewöhnlich, dass man Besucher sitzend oder gar liegend tief versunken in ihrer Lektüre vorfindet. Das MM ist kein reines Museum zum Betrachten und Bestaunen, sondern fungiert gleichzeitig als Bibliothek und Forschungseinrichtung, um die kulturelle Bedeutung von Mangas zu ergründen.

Neben beliebten Werken von Doraemon von Fujiko F.Fujio bis hin zu Demon Slayer:Kimetsu no Yaiba von Koyoharu Gotouge sind die wichtigsten Exponate tatsächlich eine einzigartige Sammlung von Ukiyo-e (Holzschnitte) und Fūshi-ga (satirische Kunst) aus der Edo-Zeit bis hin zur frühen Showa-Zeit. Ebenso gibt es Toba-e (komische Bilder), die die lächerlichen Figuren der Menschen in der Edo-Zeit karikieren und humorvolle Ukiyo-e, die die aktuellen Ereignisse der Zeit darstellen, als wären sie Monster oder böse Geister. Man findet sogar Fūshi-ga-Magazine aus der Meiji-Zeit, die Japans Vorstoss in die Moderne durch satirische Komödien zum Ausdruck bringen, welche auch heute noch in modernen Mangas zu finden sind.

Etwa 250 000 der 300 000 Objekte werden in einem geschlossenen Archiv gelagert, können durch eine Registrierung im Research Reference Room jedoch eingesehen werden.
Mittlerweile ist das MM auf dem Weg ein internationales Forschungszentrum für den mittlerweile globalen Bereich der Manga-Forschung zu werden.
Somit ist es nicht weiter verwunderlich, dass zahlreiche Forscher aus Japan und der ganzen Welt ins Kyoto International Manga Museum kommen, um die Objekte zu studieren und zu erforschen.

Zahlreiche Galerieräume beherbergen etwa drei- bis viermal im Jahr Sonderausstellungen, sowie Dauerausstellungen. Sie erklären die Geschichte des Mangas in Japan, die Struktur der Branche und Ausdruckstechniken wie Sprechblasen und Panel-Layouts.
Besonders auffallend ist hier die riesige Statue des Hi no Tori (Phönix) aus dem gleichnamigen unvollendeten Opus Magnum von Osamu Tezuka, dem Schöpfer von Astro Boy. Mit einer Flügelspannweite von 11 Metern ist die Statue sehr beeindruckend und am besten vom zweiten Stock zu sehen.
Der zweite Stock ist gleichzeitig die Hauptgalerie und beherbergt 2 Dauerausstellungen.
In der Mitte befindet sich die "What's Manga?"-Ausstellung. Sie betrachtet die Entwicklung des Mangas im Laufe der Jahrzehnte und untersucht Themen wie Vertrieb, Produktion, Bildsprache, Wirtschaft und Fandom. Somit ist diese Ausstellung sehr informativ, wenn man nicht viel über die geschäftliche oder kreative Seite weiss und bietet gleichzeitig einen faszinierenden Blick hinter die Kulissen.
Am Rand des Raumes befinden sich Regale mit Mangas, die nach Jahr und Zeitraum geordnet sind. Beginnend mit Abschnitten aus den Jahren 1912-1926 und 1927-1945 steigt jedes Segment schrittweise um ein Jahr. Die Comics sind zwar nicht lesbar, aber durchaus dekorativ und bieten einen schönen Überblick über die Entwicklung und den kulturellen Einfluss.

Wer davon schon beeindruckt ist, der sollte unbedingt die Ausstellung „Manga Artists' Hands“ (Manga-Künstlerhände) besuchen, in der über 100 Gipsabdrücke der Hände von prominenten Manga-Künstlern und Animatoren zu bestaunen sind, welche das MM besucht haben. Begleitet wird jeder Abguss von einer Originalzeichnung, die zeigt, wofür der Künstler berühmt ist.

Viele Illustratoren haben sogar auf den Wänden vom Maeda Coffee am Eingang im ersten Stock direkt auf den Wänden gezeichnet, sodass die Besucher das Gefühl haben ihren Künstlern ganz nah zu sein.

Wer denkt, das MM wäre „nur“ ein Museum, eine Bibliothek und Forschungszentrum, der irrt sich.
Das MM veranstaltet Workshops, an denen Besucher teilnehmen können und hält Kamishibai-Aufführungen (traditionelle japanische Form des Geschichtenerzählens mit Bildern) und „Manga-Studio“-Veranstaltungen, wo professionelle Manga-Künstler bei der Arbeit beobachtet werden können.

Das Kyoto International Manga Museum ist somit ein Museum, das mit seinem besonderen Charme jedoch den herkömmlichen Rahmen uns bekannter Museen sprengt. Es ist ein Vorreiter für moderne Museen und sorgt mit seiner Atmosphäre der Offenheit und Entspannung dafür, dass Besucher gerne wieder kommen, um sich zu entspannen und zu lesen.