Die Verwaltung der Präfektur Kyōto befindet sich in der gleichnamigen Hauptstadt - Kyōto (Kyōto-shi). Über die Hälfte der Bevölkerung dieser Präfektur wohnen in der Stadt.
Die Stadt Kyōto ist in 11 Bezirke unterteilt.
Nachdem im Jahr 1889 die kreisfreie Stadt Kyōto-shi entstanden war, wurden die ersten beiden Bezirke Kamigyō-ku und Shimogyō-ku eingerichtet. Im Jahr 1929 folgten Higashiyama-ku, Nakagyō-ku und Sakyō-ku, die von den bereits bestehenden zwei Stadtbezirken abgetrennt wurden und nach einer Eingemeindung diverser umliegender Orte im Jahr 1931 entstanden noch Fushimi-ku und Ukyō-ku.
Kita-ku und Minami-ku folgten im Jahr 1951 und die letzten Änderungen der Stadtgliederungen fanden in 1976 statt, als die Stadtbezirke Nishikyō-ku und Yamashina-ku hinzukamen.